dibr

Раздельно. Раздельно полностью заряжаю с балансировкой три батареи, потом соединяю и разряжаю - поскольку при разряде о балансировке обычно не думают, то и такой вот "разряд впараллель" будет вполне штатным режимом. "Момент соединения" тоже безвреден, если все батареи заряжены одинаково (проще всего тупо зарядить до упора) - тогда броска тока между батареями не будет.
Ну, и в идеале конечно было бы хорошо соединить им балансировочные хвосты - но лениво, ибо использоваться в таком виде будет редко... :-)